Научно-исследовательский Институт евро-азиатских исследований представляет собой особое подразделение Университета. Работа над его созданием имела длительный первоначальный этап, в результате которого был накоплен значительный опыт научно-образовательного взаимодействия с вузами и исследовательскими организациями евразийских государств. В результате проведения совместной научно-исследовательской и научно-организационной работы на основе соответствующих договоров в состав Института вошли: Центр евразийской интеграции, Казахстанско-Российский центр правовых исследований, Центр продовольственной безопасности государств Евразии, Центр экспериментального евразийского образования, Центр традиционной культуры евро-азиатских народов; научно-исследовательская лаборатория нанобиотехнологий и научно-исследовательская лаборатория наноэлектроники.
Основными целями Института евро-азиатских исследований являются координация, обеспечение и проведение фундаментальных, поисковых и прикладных исследований и иных наукоёмких работ; укрепление и расширение деятельности АНО ВО «Университет при МПА ЕврАзЭС» и его партнёров (вузов, научно-исследовательских и иных организаций) по формированию единого научно-образовательного пространства Большой Евразии.
Задачами Института евро-азиатских исследований (Института ЕАИ) являются:
получение новых научных знаний в области общественных, гуманитарных и естественных наук как основы становления и развития научных школ и направлений;
выполнение совместных НИР и использование их в деятельности СНГ, ЕАЭС, ЕЭК, ШОС, БРИКС; научно-образовательной деятельности АНО ВО «Университет при МПА ЕврАзЭС» и его партнёров;
проведение поисковых исследований в области создания и внедрения инновационных организационно-экономических моделей устойчивого социально-экономического развития государств-участников СНГ, ЕАЭС, ШОС, БРИКС;